为了寻找海盗巨头王直的宝藏，费尔南多将军对神秘的东方文化，产生了浓厚的兴趣，他把马克拘禁在自己的官邸，拿出他搜集的各类中国典籍，让马克给他讲解，希望能对海上寻宝有所帮助。
这些年来，为了追求许灵儿，马克确实下了一番苦功，讲起经史子集、唐诗宋词头头是道，但费尔南多将军对圣人的经典和诗词并不感兴趣，想通过《易经》演习九宫八卦和奇门遁甲。
马克也不懂《易经》，只能望文生义，让费尔南多将军哭笑不得，就在这时，西门阿尔梅达神父找上门来，要把他的徒弟马克给带走。
由于费尔南多将军对这位神父大人颇有成见，西门阿尔梅达一连去了好几次，都吃了闭门羹，心中十分恼火，最后，在佩雷斯大主教和拉维扎列斯总督的干预下，费尔南多将军才不得不交出了马克。
西门阿尔梅达本希望马克帮他运送火绳枪，因此，对于马克从堺町出走而大为光火，他指控马克犯下了五重罪，马尼拉地方法庭接到起诉书，准备开庭审判马克。
法庭设在圣地亚哥城堡，由安东尼奥德摩尔迦（antonio de a）官亲自审理，沈琦和费利佩等人通过白海山担任翻译，前来出庭作证。
首先，西门阿尔梅达指控马克背叛耶稣会，应该为林风海盗集团占据玳瑁港、进而祸乱吕宋岛承担责任；其次，马克欺骗了堺町众合会，他负责押运的三千余支火绳枪，本应运往伊势湾，却被他中途倒卖给了明朝军队；另外，他还涉嫌非法倒卖市舶司颁发的商船引票，私自偷走了保存在堺町大教堂的两具棺木，同时，对于修女露易丝之死，他负有不可推卸的责任。
马克在法庭上竭力为自己申辩。对于第一条指控，他辩称林风率领数千名将士突然攻打马尼拉，内无粮草、外无救兵，帝国守将高梯将军战死，在拉维扎列斯总督困守孤城情况下，如果让海盗继续围城，那么，如今的吕宋将会是林风的天下。他带着林风前往玳瑁港，当时来说是最正确的选择，因此，他不仅无罪，而且有功。
对于非法倒卖市舶司商船引票的指控，通过费利佩出面为其辩护，证明那张商船引票没有问题；同时，朱辉也出庭作证，揭露了堺町商人小西隆佐利用众合会的关系，勾结倭寇头目蜂须贺正胜，企图配合林风夺取吕宋岛的阴谋，露易丝小姐是死在了倭寇的刀下。
朱辉的辩护词，得到了费尔南多将军的佐证，接下来又经过一番唇枪舌战，法官摩尔迦最终认定了马克犯下了两宗罪判他偿还三千支火绳枪的货款，折合约三百万雷阿尔银币；因私自偷走了保存在堺町大教堂的两具棺木，判他两年的劳役，或者支付一百万雷阿尔银币。
雷阿尔银币分为一、二、四和八等面值，一两明朝的纹银，差不多能换二十枚面值为八的雷阿尔，这意味着马克要支付两万五千两纹银，否则，将面临更加严厉的处罚。