马克和费利佩早已回到了马尼拉，拉维扎列斯总督得知了事件的真相，对西门阿尔梅达神父表示极为愤慨。
鉴于西门阿尔梅达急于“发现”新大陆，甚至把未来总督的职位许给了费利佩，费尔南多将军心有不甘，返回马尼拉之后主动请辞，谢绝了拉维扎列斯总督的挽留，拿出他多年的积蓄，匆匆组建了一支探险队，朝着大洋深处出发了。
万历五年九月（公元1577年），六艘来自月港的大帆船抵达了巴石河口岸，在沈琦和费利佩等人的陪同下，拉维扎列斯总督亲率当局的众官员前往码头迎接，将他们隆重迎进了马尼拉王城。
明朝官方的友善及朱辉、张狗儿等人的义举，感化了拉维扎列斯总督，以前不允许华人居住的马尼拉城，如今迎来了一大批华商，他们在这里得到了应有的尊重。
至此，前往新大陆的大帆船已达七艘，备有生丝百万斤之巨（500吨左右），各类生产、生活的装备俱齐，随行海员多达一千二百余人，织工巧匠有三千人之多，巡海按察使田有才带来了明军三百名将士，为远洋舰队保驾护航，巴石河口岸俨然成了沈氏商团的中转站。
赴新大陆经商离不开费利佩的支持，共济社商团成员齐聚在沈琦的家中，把费利佩先生请来，共商远洋新大陆的大计，由于错过了最佳启航的时机，费利佩有些犹豫不决，他知道，现在海上的黑潮已经结束了。
早在嘉靖四十四年四月（公元1565年），奥古斯丁教会神父乌达内塔率探险队抵达宿务岛，两个月后，他们派出了满载香料的圣巴布洛号大帆船，借助起源于群岛东部洋面的黑潮，沿着台湾东部海域，顺洋流往东北方向航行（北纬42°～45°），这时，黑潮与亲潮相遇，汇成东向的洋流，可直抵今天的墨西哥湾，开启了这条菲律宾至新大陆的航线。
此后，每年的六月，马尼拉大帆船乘西南季风北上，行至日本海域以东的洋面，再顺着北太平洋潮流东行，行程近两万余里（约一万多海里），历时约六个月，便可抵达新大陆的阿卡普尔科。
一般从八月份起，黑潮便结束了，现在海上迎来了西北季风，如果贸然远航，可能会出现不可预测的风险。
其实，早在明正德十六年（公元1521年），麦哲伦探险队首次环球航海时，西班牙人就到达了棉兰老岛，明嘉靖二十一年（公元1542年），西班牙国王查理一世派遣远征队，对群岛进行了勘察性远征，船长德维拉洛博斯为了表示对当王子菲利普的敬意，将其命名为“菲律宾群岛”。那时，就是因为没有掌握洋流及风向的规律，在此后的二十多年里，牺牲了无数的探险队，居然再也没人找到菲律宾至新大陆的航线，导致西班牙大规模移民菲律宾晚了数十年。
在西洋人探索这条航线时，受严世蕃之托，寻找“海外仙境”的洪真人，率领三十多艘大红船，从萨摩南部的津坊町出发，前去传说中的结匈国，到达了今天的澳大利亚维多利亚州西南部海岸。