李老二回到了通州，后金军也没敢来通州，而是派兵去攻打香河，结果在香河城下吃了个不大不小的亏，损失了降卒千余人，包衣八百，蒙古人五百之后，后金军就放弃了香河，在京师附近继续劫掠一番，又攻克了永平府，迁安、滦州两城不战而降。
皇太极占领了永平府之后，派人要求同大明议和，但是遭到崇祯皇帝的拒绝。
等到三月份，皇太极见崇祯皇帝不肯和谈，关外又即将面临春耕，于是下令后金军撤回关外。在大明境内劫掠了四个多月的后金军带着十多万被掳百姓，数千明军降卒，俘虏的黑云龙、麻登云两名高级将领，还有几千头劫掠的牲畜，抢劫来的粮食和金银财宝装满了几千辆大车，浩浩荡荡的出关。
在这两个多月内，李老二就住在通州，不时派遣夜不收出来骚扰一下后金军，他不敢同女真军硬碰硬，但是骚扰一下蒙古人还是可以的，斩获不少首级。
后金军终于退兵了，但这次己巳之变造成的后果却十分严重，京畿地区受到后金军劫掠，生灵涂炭，农业生产遭到严重破坏，大批人口被掳去关外。此消彼长，大明遭到了沉重的打击，被掳走的人口去了关外充当阿哈，给后金种地，生产物资，极大程度上提高了后金的经济实力，而且后金从大明劫掠的粮食，又缓解了关外的灾荒。
阵亡的赵率教、满桂和孙祖寿三名总兵官，使得大明在军事方面元气大伤。更加上陕西和山西勤王军队没有得到粮草补给，后来兵变投奔了农民军，更是给大明的伤口上面又撒了一把盐。
尝到了劫掠甜头的后金后来又四次入寇，致使大明在流寇和清军之间间陷入两面作战之困境，最终走向灭亡。
对于袁崇焕被下狱处死这件事，李老二心中认为，崇祯皇帝在处理这件事上确实做的不妥，虽然袁崇焕是该杀，也算是罪有应得，但不应该在这个时候杀他，而是应该利用袁崇焕同后金议和，暂时缓住皇太极。另外，袁崇焕其实也正在同林丹汗谈判，可以适当的通过袁崇焕给林丹汗一些好处。
林丹汗要的是市赏，也就是开茶马市，以马匹和牛羊从大明换取粮食和茶叶，若是崇祯皇帝聪明一点，干脆让贪财的东林党去边境同蒙古人贸易，这样就皆大欢喜，林丹汗得到了他想要的粮食、茶叶和食盐，而且东林党也能趁机压制住晋商，大明也能扶林丹汗一把，利用林丹汗牵制住后金，而东林党也赚到钱，安抚了林丹汗，还不需要耗费崇祯皇帝自己的内库。
崇祯皇帝有两个大错，第一错在杀了魏忠贤之后，应该扶植阉党，维持平衡；第二错是频繁更换内阁首辅，加速了党争，打击了东林党中一批有本事，又愿意做事的人，譬如说卢象升也是东林党人，但他却被崇祯给活活坑死了。
说到底，就是崇祯皇帝不懂得玩平衡，最后坑死大批能臣良将。并非是大明没有人才，人才不是被崇祯自己坑死了，就是被崇祯坑得降清了。