赤木律子知道碇源渡没有死，并且和碇真嗣在一起，动用了全部力量，在东京市搜寻着碇真嗣和碇源渡，却一无所获，她有一个大学同学，在医院工作，告诉她似乎发现了她要找的人，她赶到医院的时候，才知道碇源渡疯了，一个十四岁的孩子带着一个疯子老爹，唯一的去处，只有自己最熟悉的地方，她来到碇真嗣的老家，果然找到了他们，不过情况的严重超出了她的预计。
经过这几日的漂泊，本就自闭的碇真嗣，变得更加警惕，他去警察局报案，被人赶了出来，他终于明白，那个男人的势力非同小可，碇真嗣不敢相信什么赤木律子，但他毕竟只是个十四岁的孩子，经过赤木律子的一番开导，终于说出了事情的所有经过。
听完的赤木律子又带着他去了一趟医院，果然还是一样的结果，赤木律子留下一些钱，又给他找了一个新的住处，安排了一个保姆伺候碇源渡，叮嘱他这件事不可以对任何人说，然后回到了东京，每个月都给他寄来生活费。
碇真嗣很感激赤木律子，每日上完学，回家照顾父亲，正当他以为一辈子都这样了，不久前他在放学的路上碰到一个少年，自称渚薰，碇真嗣不以为意，等他回到家的时候，发现那个少年竟然在他的家中，而少年的脚下还躺着一个全身白色的怪物，那熟悉的模样，碇真嗣一辈子无法忘记。
他慌忙冲进了屋子，发现父亲躺在床上，安然无事，而保姆却不见了，正当碇真嗣不知所措的时候，渚薰告诉他保姆就是那个白色的怪物，其实他的一切都在宇智波斑的监视下。
碇真嗣先是不信，随着少年的叙述，明白了一些事情，碇真嗣心中大怒，他一直当作恩人的赤木律子，竟然和那个坏蛋是一伙的，其实碇真嗣完全误会了赤木律子，白绝的出现，她根本不知情，她太低估宇智波斑了，从她去找碇源渡开始，已经掉进了斑的陷阱。
渚薰告诉他，自己是SEELE的人，碇真嗣并不知道什么是SEELE，但根据渚熏的讲解，SEELE是他父亲的上属机构，宇智波斑改写了他父亲的记忆，独占了NERV的总部，并且毁灭了整个SEELE，让他更惊讶的是，整个日本竟然都在宇智波斑的掌控下，想到自己在警局的遭遇，碇真嗣开始相信渚薰的话。
父亲变成白痴，恩人是内奸，一切都和宇智波斑有关系，甚至父亲的大脑损坏，也是宇智波斑亲自动的手，碇真嗣心中又愤怒又迷茫，他慌忙求助渚薰，毕竟渚薰可以消灭恐怖的白色怪物。
结果让他大失所望，渚薰也帮不了他，还未等他多想，渚薰又告诉他，要赶紧离开这里，用不了多久宇智波斑一定会发现他们，凭借他的力量，没有把握击败宇智波斑。
碇真嗣有些筹措，这段时间他经历的事情，超出了十年中所见过的事情，经过赤木律子的前车之鉴，他不知道该不该相信渚薰，他和渚薰才认识一天，不明白渚薰为什么要帮他。