也就在万众皆以为大中朝今后会彻底安生下来，全力恢复各地农经的时候，内阁大臣们也在商议着要裁撤一些兵马，准备将精力全都投入到恢复各地经济民生的事情上的时候，海军方面和海上贸易集团都提出来，发动一次大规模的攻势，要将台湾岛拿下来，将盘踞在台湾岛上的荷兰人逐出台湾岛的时候，肖天健却在内阁会议上表示了反对的意见。
对于裁撤过剩的军队问题上，肖天健并未反对，经过这么多年的南征北战之后，大中军也膨胀的非常厉害，经过粗略统计下来，各地的大中军这几年来，为了加强对各地的统治力度，不断的进行征兵，再加上不断的收服各地的乱军和明朝旧部，即便是大中军一边打一边裁撤遣散闲杂人员和老弱残兵，也使得大中军到了天元三年夏季的时候，已经达到了空前的近百万的数量了。
百万大军对于后世也许算不上太多，可是在这个时代，却是一个恐怖的数字，以这个时代的生产力来说，即便是大中朝所辖人口已经过亿，但是一百多个人养活一个兵还有十几万匹各种骡马，对于新立的大中朝来说，无疑是一项非常沉重的负担，何况现在大中朝也是处于百废俱兴的阶段，要花钱的地方太多太多，而且肖天健一心一意要尽快打造出来一支强大的海军，这海军可是纯烧钱的兵种，不裁撤掉大批陆师的话，无论如何也架不住这样的消耗。
再加上当兵的基本上都是青壮年劳力，现在大中朝百废俱兴，大批撂荒农田需要重新复耕，因为前期农业因为天灾战祸遭受破坏严重，耕牛大批被杀掉，农耕更需要以人力为重，可是这么多青壮被征做兵卒，这对于大中朝今后的复苏也非常不利，所以裁撤各地陆师便必须要尽快展开。
所以肖天健也同意内阁大臣们提出的裁军计划，将现有的百万大军裁撤掉三成甚至于一半，令其卸甲归田。
但是内阁大臣们提出的裁军计划，却遭到了兵部上下的反对，他们的理由也很充分，现如今各地刚刚平定，还有许多大明余孽在蠢蠢欲动试图复国，西北方面还有李自成余孽尚未尽数被讨平，而且这些大中军兵将之中，有许多人为大中朝出生入死，现在刚刚立国不久，便要将他们赶回家，这么大批的兵将一旦安置不好的话，便又会成为不稳定因素，使得刚刚稍稍平定下来的局势重新糜烂。
而且永历现在逃入缅甸，北方还有建奴和蒙古人的事情没有解决，下一步肯定还要在北方动兵，所以眼下大批裁撤陆师并不合适。
对于军方的态度彰显出了文武之间的严重分歧和矛盾，这是一场博弈，而肖天健无疑便是这场文武之间的博弈的裁决者。
对此肖天健考虑再三，多次和内阁以及兵部方面进行商量，但是最终肖天健还是下旨，对各地军队进行一次大规模的整编，但是对于裁撤兵马数量，采取了分批裁撤的方式，在本年度也就是天元三年之内，各路兵马现行整编裁撤两成兵马，将军中一些老弱兵将先行裁撤，令其卸甲归田。