这些降兵前面说过，其中一部分人就地整编，留下成了大中军留守兵马，负责保护运河一线的安全，保护大批北上的船队的安全，随着他们越来越朝北行进，他们的补给线也越拉越长，等他五月中旬抵达天津卫外的时候，整条大运河补给线已经绵延出了数千里之多，不当家不知柴米贵，支持这么多兵马的军事行动，每天消耗掉的物资都是天文数字，而这些物资除了山西、河南部分走旱路向北运送之外，其中绝大部分都要走水路北运，每天从扬州发出的漕船，几乎都有几百条之多，才能保障前面的军队衣食无忧。
这样大规模的运输补给，即便是让后世的人想想都会觉得有点头大，更何况在这个交通基本靠走，通讯基本靠吼，治安基本靠狗的年代呢？所以虽然肖天健这些年来积攒了点私房钱，可是也有点架不住这样折腾。
而肖天健当初也低估了维护运河沿线的难度，所以前期有点准备不足，以至于四月间运河上的漕船时常遭到溃兵抑或是大股匪盗的洗劫，除了损失不少物资之外，还影响到了一些船民，使得不少船民不敢再驾船北上替大中军运送物资。
后来肖天健不得不在路上拖延了一些时日，从各地抽调了一批兵马，沿途加强对运河两岸的防御，另外边走边打，还改编了不少明军降兵，令其分块分区清剿辖区内的溃兵流匪，这才使得运河上的行船安全开始得到了保障，减少了被袭击的次数，另外他还调派水师部分兵将，随船队一起行动，护送船队北上，每支船队里面安排一些武装人员押运，另外每条船队里面编入一两条装载了不少轻型火炮的战船，护送船队，这才遏制住了一些湖匪水盗猖獗的劫掠大中军的物资船队。
可是换来的则是运输成本的剧烈增加，改编的这些降兵，无疑也要消耗相当多的粮食，既然他们已经摇身变成了大中军的一员，肖天健自然是不会再让他们自己解决吃饭问题了，所以从南方运送上来的粮食物资，其中很大一部分都被这些新编的兵马给消耗掉了。
所以对于肖天健的大中朝来说，刚刚立国，便立即发动一次这样大规模的战事，对于他们君臣来说，压力之大无疑是显而易见的。
另外肖天健集结兵力北上，无疑也造成了后方的空虚，一些明朝的地方官员和军将，也在肖天健挥师北上之后，开始在南方蠢蠢欲动，试图利用这个天赐之机，重新夺回一些地盘，在四月中旬，肖天健得到留镇南京的石冉的报告，说逃到赣州的方国安，在赣州集结起来了近四万明军，号称十万大军，又开始北上，试图恢复江西失地，兵锋指向了时下已经被大中朝控制的南昌府，石冉已经调集南部留守兵力，南下抚州府一带，去对付方国安这路人马了。
肖天健得知之后，下旨令兵部发令，令留镇湖广的罗汝才也调集湖广境内第三镇留守兵将，进击江西吉安府，从侧面牵制方国安所部，为石冉分担一下方国安所部此次北上的压力，总之北方此刻正是关键时刻，南方作为大后方，这个时候不能出什么大问题。