马步军和特种军都已经扩编，组成了一个特种军团和四个战斗军团，接下来就是水军的改编，水军编成两个军团，蛟龙军团，军团兵马总管混江龙李俊，副总管黑龙将刘梦龙，政委赤须龙费保。
过江龙李俊是晁盖特意找来的水军统帅，有魄力，有头脑，而且水上的功夫了得，副总管黑龙将刘梦龙是根正苗红的水军大将，正统的学习过水军战法，而且还担任过朝廷水军的统制，指挥过大型的水战，配合李俊相得益彰；至于说赤须龙费保，他是梁山水军头领中眼光最为长远的，也是最具有战略意识的，政委一职当之无愧。
下辖五师十万人。海一师都监浪里白条张顺，副都监船火儿张横；海二师都监立地太岁阮小二，副都监出洞蛟童威；海三师都监卷毛虎倪云，副都监翻江蜃童猛；海四师都监活阎罗阮小七，副都监扬子蛟卜青；海五师都监瘦脸熊狄成，副都监活闪婆王定六。
海军陆战军团，军团兵马总管铁锁横江呼延绰，政委圣水将单廷珪。铁锁横江呼延绰和圣水将单廷圭两个人都是水军的大将，而且同样精通陆战，水陆两栖的人才，晁盖早就想成立水军陆战部队，为以后的战争做准备，这一回有了合适的人选自然是将这海军陆战军团的组建提到了日程。
下辖三师六万人。陆战一师都监摩云金翅欧鹏；陆战二师都监短命二郎阮小五；陆战三师都监由圣水将单廷圭兼任。
其余众人各司其职，晁盖又宣布从新定置旌旗等事项，山顶聚义大厅前的广场之上立两面杏黄大旗，一面上书“替天行道”四字，一面上书“为您平命”四字。聚义大厅改名为忠义大厅，厅前绣字红旗二面：一书“托塔天王晁盖”，一书“中天紫微北极太皇大帝”。
另外又设飞龙飞虎旗、飞熊飞豹旗、青龙白虎旗、朱雀玄武旗，黄钺白旄，青幡皂盖，绯缨黑纛。中军器械外，又有四斗五方旗、三才九曜旗、二十八宿旗、六十四卦旗、周天九宫八卦旗、一百二十四面镇天旗。尽是通臂猿侯健制造。玉臂匠金大坚铸造兵符印信。等到一切完备之后，又差入云龙公孙胜选定吉日良时，杀牛宰马，祭献天地神明，挂上忠义堂、断金亭牌额，立起“替天行道”和“为民请命”的杏黄大旗。
晁盖当日大设筵宴，亲捧兵符印信，颁布号令，道：“众位兄弟，各各管领，悉宜遵守，毋得违误，有伤义气，如有故违不遵者，定依军法治之，决不轻恕。”
“是，我等谨遵大都督将令！”众人齐声说道，毕竟如今这梁山军马已经改编为梁山人民军了，成为了正规军，也不能再称呼晁盖为“哥哥”了，所以众人都唤大都督，这样听起来更是霸气。
真是：
八方共域，异姓一家。天地显罡煞之精，人境合杰灵之美。千里面朝夕相见，一寸心死生可同。相貌语言，南北东西虽各别；心情肝胆，忠诚信义并无差。其人则有帝子神孙，富豪将吏，并三教九流，乃至猎户渔人，屠儿刽子，都一般儿哥弟称呼，不分贵贱；且又有同胞手足，捉对夫妻，与叔侄郎舅，以及跟随主仆，争斗冤仇，皆一样的酒筵欢乐，无问亲疏。或精灵，或粗卤，或村朴，或风流，何尝相碍，果然认性同居；或笔舌，或刀枪，或奔驰，或偷骗，各有偏长，真是随才器使。可恨的是假文墨，没奈何着一个圣手书生，聊存风雅；最恼的是大头巾，幸喜得先杀却白衣秀士，洗尽酸悭。地方四五百里，英雄一百八人。昔时常说江湖上闻名，似古楼钟声声传播；今日始知星辰中列姓，如念珠子个个连牵。在晁盖恐托胆称王，归天及早；惟晁盖肯呼群英豪，把寨为头。休言啸聚山林，早愿瞻依廊庙。